Административното ръководство на звената в администрацията се осъществява от главен секретар, назначен от председателя на агенцията.

Главният секретар:
1. разпределя, координира и контролира текущите и дългосрочните задачи между отделните звена на общата и специализираната администрация в агенцията;
2. контролира спазването на сроковете за изпълнение на задачите, произтичащи от закони, от актове на Министерския съвет, от решения на акредитационния съвет и/или разпоредени от председателя на агенцията;
3. организира дейността по публикуването на актовете на агенцията;
4. осъществява оперативните връзки с ръководствата на институциите от системата на висшето образование и с други административни структури;
5. подготвя заседанията на акредитационния съвет и участва в тях с право на съвещателен глас;
6. съгласува актовете за възникване, изменяне и прекратяване на служебните и трудовите правоотношения;
7. информира своевременно председателя и членовете на акредитационния съвет относно настъпилите промени в нормативната уредба за процедурите за акредитация и оценяване на проекти;
8. следи за спазването на нормативните актове и за изпълнението на законните разпореждания на председателя на агенцията;
9. отговаря за управлението на държавната собственост, предоставена на агенцията;
10. организира разработването, въвеждането и функционирането на вътрешната система за осигуряване качеството на дейностите на агенцията;
11. утвърждава длъжностните характеристики на служителите.